El SIP compta amb un programa anual d’excavacions arqueològiques, algunes d’elles en col·laboració amb la Universitat de València.
En l’actualitat els projectes d’investigació comprenen totes les etapes de la prehistòria i antiguitat valenciana, centrant-se les actuacions en: la Cova del Bolomor a Tavernes de la Valldigna, on han aparegut les restes humanes més antics de les nostres terres; en els jaciments eneolítics de Fuente Flores i Cinto Mariano de Requena, en el poblat de l’Edat del Bronze de la Lloma de Betxí de Paterna, en els poblats ibèrics de la Bastida de les Alcusses de Moixent i Los Villares de Caudete de las Fuentes i en la ciutat iberoromana de La Carència de Turís.
La labor de difusió i museïtzació del Museu de Prehistòria de València no es limita a la cultura material exposada en les sales, també s’han posat en valor i obert al públic alguns dels poblats ibèrics més emblemàtics excavats per esta institució: La Bastida de les Alcusses de Moixent, El Tossal de Sant Miquel de Llíria, el Castellet de Bernabé de Llíria i el Puntal dels Llops d’Olocau. Tots ells formen part de la Ruta Ibèrica Valenciana.
Veure excavacions
Veure Ruta Ibèrica Valenciana